"Энтерпрайз" отклонился от курса, притянутый коллапсирующей звездой Квестар М-17. На орбите звезды был обнаружен древний полуразрушенный космический корабль, принадлежавший насекомоподобной рассе, с неизвестной электро-магнитной формой жизни на борту, захватившей карабль. Дальнейшее исследование показывает, что команда этого корабля была не в состоянии избавится от этого захватчика и тогда они сами разрушили собственный корабль. Когда существо взяло под свой контроль "Энтерпрайз", Кирк и Спок направляют корабль к звезде Квестар М-17, заставив существо поверить, что "Энтерпрайз" будет уничтожен. На самом деле, с помощью эффекта пращи, корабль освобождается из гравитационной ловушки, оставляя существо навсегда вращаться на орбите звезды.

    Когда Кирк, Спок и историк Эриксон возвращаются из миссии в прошлое Ориона с помощью Стража Вечности, никто не узнаёт Спока, а первым офицером "Энтерпрайза" в течение пяти прошлых лет был андорианец по имени Телин. Оказывается, что в этой временной линии он (Спок) умер в возрасте семи лет. Приходится Споку снова наведаться в прошлое дабы навести там порядок.

    Огромное пожирающие планеты облако из другой галактики вторгается в пространство Федерации и уничтожает планету Алондра, превратив её в мельчайшую пыль буквально за несколько секунд. Затем облако ложится на прямой курс к планете Мантиллес, населённой почти 100 миллионами человек. "Энтерпрайз" должен защитить планету и её жителей. Во время этой операции Спок обнаруживает, что облако на самом деле живое существо и единственный способ с ним справится и спасти планету - это убить существо, взорвав "Энтерпрайз" внутри облака. В конце концов, Споку удаётся телепатически связаться с облаком и убедить это существо вернуться туда откуда оно пришло.

    Классический сюжет с сиренами завлекающими мужчин своим пением. Но на женщин-то их пение не действует, так что Ухура с остальными дамами "Энтепрайза" проводит блестящую спасательную операцию.

    Что тут можно сказать, трибблы это всегда проблемы.

    Недалеко от Нейтральной Зоны на границе Федерации и Ромуланской империи обнаружен повреждённый одноместный карабль с давно пропавшим филантропом Картером Уинстоном. На борту "Энтерпрайза" он встречается со своей невестой, лейтенантом Энн Норед. Уинстон, который на самом деле оказывается оборотнем Вендорианином, имитируя внешность Кирка приказывает направить "Энтерпрайз" в Нейтральную Зону, кроме того он повреждает щиты корабля. В конечном счёте, однако, вендорианин, ставший во многом точной копией Уинстона, благодаря его любви к Энн Норед защищает "Энтерпрайз" от атаки ромулан.

    Разумные растения с планеты Филос спасают жизнь Сулу, когда он отравился. Филосиане поклоняются землянину времён Евгенических войн, который прилетел на их планету столетия назад, доктору Старросу Кениклиусу. В настоящее время он живёт на планете Филос в виде гигантского клона. Кениклиус похищает Спока, которого собирается клонировать и превратить межгалактического миротворца, хотя Кирк настаивает на том, что люди как-нибудь перебьются и без его помощи. Не обращая на это внимания Кениклиус клонирует Спока, при этом оригинальный Спок теряет умственные способности оказывается на грани смерти. Клон спасает жизнь Спока с помощью слияния разумов и соглашается остаться с Кениклиусом на Филосе, чтобы восстановить цевилизацию планеты.

    В центре галактики, "Энтерпрайз" попадает в материально-энергитическое торнадо. Все системы корабля выходят из строя, а на мостике возникает демоноподобное существо по имени Люсиан и сообщает команде, что они попали во вселенную основанную на законах магии. Команда и Люсиан, однако, похищены жителями его родной планеты Мегас-Ту для "суда ведьм", точно так же, как это было с жителями этой планеты посетившими Землю столетия назад. Кирк выигрывает судебный процесс и "Энтерпрайзу" позволяют вернуться в нормальный космос.

    Один из сюжетов на тему конфликта людей и машин. Капитан Кирк, способный вероятно уболтать кого угодно, убеждает компьютер в пользе мирного сосуществования людей и машин.

    Старый знакомый Гарри Фентон Мудд обеспечивает экипажу "Энтерпрайза" проблемы, на этот раз нелегально приторговывая "кристаллами любви".

    Ещё одна вариация на тему Гуливера и лилипутов.

    Исследуя Дельту Треугольника, где исчезло много космических кораблей, "Энтерпрайз" подвергается нападению несколькими клингонскими кораблями. "Энтерпрайз" следует за одним из напавших на него кораблей в деформированное пространство-время, где обнаруживают кладбище космических кораблей со всей галактики. Два капитана, Кирк и клингон, перенесены на суд жителей этого измерения, названного Элизией, составленной из всех рас со всех концов галактики и во главе с вулканианцем, Ксериусом. Он объясняет, что никто не смог сбежать из этой области, таким образом потомкам команд пришлось учится мирному сосуществованию. За несколько часов, оставшихся до того, как корабли потеряют энергию, Кирку удалось договорится с клингоном о сотрудничестве для того чтобы выбратся из ловушки. Однако, Спок узнаёт, что капитан клингонского корабля, Кор, хочет уничтожить "Энтерпрайз", когда корабли выберутся на свободу. Бомба клингонов обнаружена вовремя, после чего оба корабля покидают область деформированного пространства-времени.

    Кирк, Спок, Маккой и Сулу обследуют планету Арго, поверхность которой почти целиком покрыта водой, когда на их челнок нападает подводное чудовище. Кирк и Спок пропадают и когда их находят оказывается, что их тела мутировали и они не могут жить на суше, а только в воде. Мутация дело рук неизвестных подводных обитателей планеты. Кирк и Спок возвращаются на планету, чтобы найти её жителей и повернуть мутацию вспять. Они находят подводных жителей и одна молодая девушка показывает им древний город, где они находят рецепт обратной мутации. Планете предстоит сильное землетрясение и Энтерпрайз спасает подводный народ перенеся эпицентр землетрясения, с помощью бомбардировки фазерами планеты, в безлюдные области.

    Спок, Сулу и Ухура на шатле Коперник перевозят на Звёздную базу 25 стазисную коробку, артефакт древней могущественной и вымершей цивилизации слейверов. У Бета Лиры стазисная коробка засветилась, что означает присутствие рядом ещё одной стазисной коробки. Но вместо коробки экипаж шатла попал в засаду воинственной расы кзинти. Кзинти вскрыли коробку, которую вёз Спок, и нашли там прибор слейверов. С помощь переключателя он мог менять свой вид и функции. Но найти нужную позицию с супероружием кзинти так и не смогли. Зато смогли найти механизм самоуничтожения.

    На планете Лактра 7 пропало шесть исследователей. Кирк, Спок и Маккой спускаются на планету для поиска пропавших и попадают в плен к высокоразвитой расе телепатов. Лактрасиане собрали на своей планете зоопарк из различных существ, туда же они поместили и людей. В зоопарке десант находит пропавших исследователей. Людям удаётся все-таки доказать, что они разумны, и лактрасиане отпускают их.

    Старейшая из известных космических рас, ведала, собирает команду из представителей различных народов. Их цель - найти образ мозга Алара, духовного лидера народа Скорра, похищенного с их планеты. Теперь они грозят войной всей галактике. Команда состоит из одного из лидеров Скорра Тчара, рептилии Сорда, взломщика Эм'Три'Грина, охотницы Лары, Кирка и Спока. Преодолев многие трудности, команда находит Алара и выясняет, что в их рядах есть предатель. Им оказывается Тчар. Он готов развязать войну, чтобы вернуть былое величие своего народа, но Кирку и Споку удаётся его обезвредить.