"Энтерпрайз" вернулся домой, но обнаруживает, что попал в прошлое, и ход Второй мировой кардинально изменилсся под воздействием войны Темпоральной... Арчер и команда "Энтерпрайза" обнаруживают, что попали в прошлое Земли, а ход второй мировой войны кардинально изменился вследствие войны темпоральной. 1944 год, нацисты захватили большую часть Северной Америки, Африки и России. Удалось им это благодаря помощи некого инопланетного субъекта по имени Воск, представителя некоей фракции, преследующей свои интересы в темпоральном противостоянии.

    Джонатан Арчер вынужден обьединить усилия с Силиком для того, чтобы повернуть все изменения вспять... Враг моего врага отнюдь не всегда друг. Арчеру приходится объединиться со своим давним противником - сулибанцем Силиком, дабы остановить вмешательство в ход истории третьей стороны в лице Воска. Если им это не удастся, то холодная темпоральная война грозит перерасти в горячую.

    Энтерпрайз вернулсся домой не только пространственно, но и во времени. Команда корабля заслужила отдых после многих месяцев работ. После долгого и трудного путешествия "Энтерпрайз" наконец возвращается домой, на Землю. Экипаж встречают как героев и устраивают им пышную церемонию чествования. Однако после неё им приходится столкнуться с куда менее приятными последствиями своих приключений. Т'Пол, закончив официальные дела, собирается вернуться на Вулкан, дабы навестить свою мать Т'Лес. Трипу же возвращаться некуда - его дом уничтожен вместе со всей остальной Флоридой, сестра погибла. Т'Пол приглашает его составить ей компанию в полёте на Вулкан, на что он соглашается.

    На борт Энтерпрайза попадает Эйрик Сунг - создатель "Аугментов" - существ, которые грозят стать поводом для войны между Клингонской империей и Землёй. Доктор Эрик Сунг глубоко убеждён, что будущее человечества - в генетических модификациях, а Евгенические войны были просто трагической ошибкой. Он выкрал и вырастил 20 генетически усовершенствованных эмбрионов человека, оставшихся после войны. Когда кража раскрылась, Сунга отправили в тюрьму, а "суперов" - жить в изоляции на необитаемой планете. Но несколько лет спустя на границе между Клингонской Империей и Орионским Синдикатом группа суперов захватывает клингонский крейсер, весь экипаж судна уничтожен. Клингоны угрожают Земле войной, команду Арчера спешно отзывают из отпуска и отправляют урегулировать конфликт. Чтобы выследить и взять под контроль "продвинутых", Арчеру нужен находящийся в заключении и обладающий несколько... нестандартной психикой доктор Сунг.

    На "Криостанции-12" ещё остались нужные сбежавшему Сунгу и его аугментам эмбрионы, но персонал станции мужественно сопротивляется попыткам заполучить их... Команда "Энтерпрайза" спасает некого Смайка. Флокс скоро узнаёт, что Смайк один из суперменов - но он "дефективный", в отличие от других он не имеет сверхчеловеческих способностей. Смайк рассказывает Арчеру том, что хранится на станции CS-12 и о планах Сунга по её захвату. Сунг захватывает и заполняет диспетчерскую и лаборатории станции нервно-паралитическим газом. Среди заложников Сунга есть доктор Джереми Лукас, приятель Флокса. Но планы Сунга встечают неожиданное препятствие, когда его супермены не могут войти на склад без правильного кода. Когда доктор Лукас отказывается сказать код добровольно, Сунг начинает мучить других членов команды, пока он не подчинится...

    Один из Аугментов восстаёт против своего создателя, и придумывает план, который поможет по-настоящему разжечь боевые действия между Клингонской империей и Землёй. Сунг и его "дети" улетают со станции вместе с сотнями генетически измененных человеческих эмбрионов. Сунг намеревается опять спрятаться где-нибудь на необитаемой планете и заняться их выращиванием, предварительно внеся в геном кое-какие корректировки. Однако Малик (лидер "продвинутых") поднимает своих товарищей на бунт против такой стратегии Сунга. Он уверен, что они должны не бежать, а занять подобающее себе место. С этой целью он придумывает дьявольский план, дабы разжечь войну между Землей и клингонами...

    В земном посольстве на Вулкане совершён теракт, и "козлами отпущения" для ВВК стали подозреваемые в причастности к теракту "Сираниты". Взрыв в земном посольстве на Вулкане. Погибло 12 вулканцев и 31 землянин. "Энтерпрайз" отправлен на Вулкан, чтобы помочь с расследованием, однако у вулканского Верховного Командования уже имеются подозреваемые - фракция диссидентов, называемая "сирраниты". Т'Пол узнает от своего мужа Косса что её мать вынуждена скрываться, чтобы избежать ареста, поскольку она - сирранитка. Косс также передает ей загадочный фамильный медальон, содержащий карту. Поверив, что карта - сообщение от Т'Лес, Т'Пол и Арчер отправляются в путь через опасную пустыню, не поставив Верховное Командование об этом в известность.

    Арчер и Т'Пол обнаруживают Сиранитов, они удивлены, узнав что капитан, возможно, - ключ к их спасению. Волнения на Вулкане набирают всё большие и большие обороты, и ВВК намерено вероломно напасть на Андорию, издавно конкурировавшую с Вуканом - об этом Трипу сообщает уже бывший посол Совал. В поисках правды о взрыве в земном посольстве Арчер и Т'Пол выследили сирранитов, револющионную фракцию, скрывающихся в заброшенном святилище посреди пустыни. Т'Пау, "подозреваемая номер один", и мать Т'Пол также находятся среди них. Повстанцев того и гляди сокрушат силы Верховного Командования, а когда оказывается, что Арчер, возможно, ключ к их спасению, сирраниты просто ошарашены. Волнения на Вулкане становятся всё ожесточеннее, и бывший посол Совал открывает Трипу, что Верховное Командование собирается вероломно напасть на планету-конкурента Андорию. Осуществись эти планы - Земля окажется втянутой в межпланетную войну...

    Джонатан Арчер,Т'Пол и Т'Пау (глава сиранитов) не без труда добираются до столицы Вулкана с целью предьявить обществу древний артефакт Кир'Шару. Он может помочь низвергнуть корумпированное правительство, и в корне поменять жизнь общества. Тем временем команда "Энтерпрайза" благодаря друзьям предотвращает атаку на Андорию. Арчер, Т'Пол и лидер повстанцев Т'Пау с трудом пробиваются к вулканской столице, чтобы всенародно объявить о своём открытии - древней святыне, что может коренным образом изменить всё вулканское общество и низвергнуть коррумпированное правительство. Между тем, с помощью союзников среди вулканцев и андорианцев, команде "Энтерпрайза" удается предупредить и остановить атаку на Андорию.

    На борт "Энтерпрайза" прибывает изобретатель телепортатора Эмори Эриксон, чтобы провести некий рискованный эксперимент.

    Очередной десант занес на борт "Энтерпрайза" смертельную вирусную инфекцию. Команда пытается с ней бороться, а некие бестелесные инопланетные создания в это время изучают реакцию землян на данную ситуацию.

    "Энтерпрайз" направляется к "Вавилону-1" с телларитским послом на борту. Цель встречи - мирные переговоры с андорианцами. Но по пути команда получает сигнал бедствия от Шрана...

    Арчер пытается убедить андорианцев, телларитов и вулканцев объединить усилия, чтобы поймать Ромуланский экспериментальный корабль, угрожающий стабильности всего региона.

    Благодаря Аэнарцам удаётся остановить действия Ромуланцев, направленные на "сталкивание лбами". Захватив один из кораблей, превращающих в хаос жизнь всего квадранта, союзники не обнаружили внутри пилота и решили, что эти корабли управляются телепатически с большого расстояния. Арчер и Шран отправляются на покрытую льдом родину андорианцев, чтобы отыскать колонию аэнар - особых андорианцев, лишенных зрения, но обладающих большими телепатическими способностями, вполне достаточными, чтобы управлять кораблём. Проблема только в том, что аэнары - необыкновенно скрытные и не хотят сражаться даже ради спасения собственной планеты. И тем не менее, чтобы предотвратить кровопролитную межрасовую войну, Арчер и Шран находят телепата, согласившегося управлять захваченным кораблём. Но только для одного из них эта встреча станет чем-то большим...

    Доктор Флокс по пока неустановленным причинам похищен Клингонами. Команда Энтерпрайза в очередной раз возвращается на Землю, чтобы присутствовать на запуске второго корабля класса NX - USS Коламбия. Сойдя с Энтерпрайза, доктор Флокс, и раньше попадавший в беду на Земле, и на этот раз не изменяет своей "традиции". На этот раз его похищают и привозят в секретную клингонскую исследовательскую лабораторию. Здесь он должен разработать средство от болезни - самой большой беды, с которой сталкивалась Клингонская раса... Серия будет интересна поклонникам клингонов из других сериалов "Звёздного Пути", поскольку элегантно связывает "Энтерпрайз" с остальными частями саги.

    "Колумбия" летит на помощь "Энтерпрайзу". Доктору Флоксу всё-таки удаётся излечить вирус, но отныне некоторые Клингоны физически "очеловечатся". Как только Энтерпрайз и новенькая Коламбия подходят достаточно близко к разгадке местонахождения Флокса, клингоны проникают на их корабль и устраивают диверсию. Так что пока Флокс наперегонки со временем старается отыскать лекарство против клингонского вируса, капитан Арчер вынужден стараться не допустить разрушения "Энтерпрайза". Но даже если Флокс найдёт, в конце концов, лекарство, сможет ли это остановить клингонский крейсер, уже вылетевший, чтобы уничтожить корабли землян?

    Дружеская встреча с Орионским торговцем не предвещала никаких неприятностей. В честь переговоров с представителями Орионского Синдиката капитан Арчер получает необычный подарок - трёх прекрасных орионских рабынь. Пока Арчер втолковывает им, что они теперь свободны и могут идти куда захотят, под чары орионок попадает половина экипажа Энтерпрайза, кроме Трипа и Т'Пол, испытывающих на себе другой тип "связи"...

    Действия серии происходят в Альтернативной Вселенной где всё пошло иначе, и Земля создала мощную империю, одну за другой порабощающую расы Галактики. Одна из самых неоднозначных серий "Энтерпрайза" - вариация на тему "а что, если бы...". Если бы земляне убили первых вулканцев, вступивших с ними в контакт и силой завладели их технологиями... Если бы земляне создали могущественную Земную Империю и были бы захватчиками, а не мирными исследователями... В этой параллельной вселенной другой коммандер Арчер поднимает на Энтерпрайзе мятеж против капитана Форреста, чтобы захватить корабль, появившийся из будущего... Эта дилогия не связана по сюжету с остальными сериями "Энтерпрайза", но зато связывает этот сериал с другими частями саги: "Star Trek: The Original Series" (1966) и "Star Trek: Deep Space Nine" (1993)

    Предательство в этой Альтернативной Вселенной, похоже, вполне обыденная вещь... Продолжение дилогии о параллельной вселенной. Арчер угоняет корабль из 23-го века под названием "Дефаент", чтобы использовать его в своих подлых планах по захвату власти... В этой серии с поразительной точностью воссозданы костюмы, декорации и оборудование сериала "Star Trek: The Original Series", выходившего на экраны в 1966-1969 годах.

    Ксенофобская организация "Терра Прайм" выдвигает ультиматум всем инопланетянам, присутствующим в Солнечной системе. На Земле собираются представители людей, вулканцев, андорианцев и телларитов, чтобы обсудить будущее сотрудничество и даже создания коалиции планет. Но далеко не все земляне хотят этого... На лунной рудодобывающей станции члены ксенофобной группировки создают гибрид человека и вулканца, используя гены Трипа и Т'Пол...

    Команде Энтерпрайза предстоит вступить в серьёзную схватку с организацией... Лидер противников коалиции разумных рас угрожает уничтожить здание командования Звёздного Флота в Сан-Франциско, если Землю не покинут все инопланетяне... Тем временем Трип и Т'Пол борются за жизнь своей дочери, которую они уже назвали Элизабет - в честь погибшей сестры Трипа...

    Прошло два столетия: наступил 24 век...
    Серия повествует о будущем полете "Энтерпрайза" - через 6 лет после основных событий. Что будет с нашими героями в будущем? Сумеют ли они сохранить свое братство и дух первооткрывателей? Что будут вспоминать о них потомки? Эта серия напрямую связана с сериалом "Star Trek: The Next Generation" - прежде всего появлением Джонатана Фрейкса, знакомого и любимого всеми поклонниками саги о "Звездном Пути" за роль коммандера Вильяма Райкера. В далёком будущем он изучает историю Земли 22-го века и имеет уникальную возможность походить по первому космическому кораблю с названием "Энтерпрайз", поговорить с его командой. Что это такое: фантазии человека "из будущего" или реальность - каждый зритель решит для себя сам... (заключительная серия)