Капитану Арчеру и экипажу наконец-то после долгих месяцев выпадает шанс разузнать о Зинди побольше.
    Шесть недель с прибытия в Дельфийскую Зону. Капитан Арчер и его экипаж узнают об одном из зинди, работающем в шахтерской колонии, и выслеживают его с целью добыть информацию об этой таинственной расе. В процессе поисков Арчер и Трип попадают в смертельную ловушку, и новые члены экипажа - группа спецназовцев - спешно приходят им на выручку. Трипа постоянно мучают ночные кошмары о гибели сестры, и Т'Пол предлагает ему любопытный вулканский способ избавления от них.

    "Энтерпрайз" попадает в область, до предела насыщенную всякого рода аномалиями, а тут ещё и пираты... Миссия по поиску зинди делает опасный поворот, когда по "Энтерпрайзу" ударяют разрушительные, необъяснимые пространственно-временные аномалии, нарушающие все мыслимые и немыслимые законы физики. Воспользовавшись беспомощностью корабля, на него десантируются озаарианские пираты и "избавляют" его от припасов и ценного оборудования. Экипажу удаётся захватить одного из налётчиков, и во время допроса пленника моральные качества Арчера подвергаются серьёзному испытанию.

    Давным-давно одна из цивилизаций, вымирая вывела мощный мутагенный вирус, и теперь почти любой представитель инопланетной расы, посетивший этот мирок, превращаетсся в представителя уже давно вымершей расы. Продолжающаяся погоня за зинди приводит "Энтерпрайз" на тропическую планету, где Арчер, Рид и Хоши подхватывают крайне заразный вирус, превративший их телом и разумом в давно вымерших жителей этого мира.

    Почти случайным образом на борт Энтерпрайза попадает девушка Раджин, но, как известно, случайностей не бывает... На инопланетном базаре Арчер спасает девушку-рабыню по имени Раджин. Попав на борт "Энтерпрайза", она пытается с помощью своих гипнотических и эротических способностей украсть информацию о землянах для своих хозяев-зинди. Когда обман раскрывается, Арчер отправляет её в камеру, тем самым заставив зинди-рептилоидов потрясая оружием ворваться на корабль, дабы её освободить. Между тем Трип и Т'Пол начинают опасный эксперимент. Если он удастся, то звездолет будет изолирован от дальнейших разрушений странными физическими феноменами Дельфийской Зоны. А если нет...

    "Энтерпрайз" встречает в Дельфийском пространстве когда-то пропавший без вести Вулканский крейсер "Селейа". Десантировавшись на повреждённый вулканский корабль, дрейфующий в астероидном поле, Арчер с командой обнаружили, что оставшиеся в живых члены вулканского экипажа мутировали в жестоких, зомби-подобных существ. Когда Т'Пол тоже начинает поддаваться мутации, команде с боем приходится пробивать себе путь - чтобы успеть вернуться прежде чем потеряют своего офицера по науке навсегда.

    Красавица и чудовище - часто встречающийсся мотив. Хоши вынуждена ненадолго остаться на почти необитаемой планете с инопланетным телепатом, который может пролить свет на местонахождение Зинди. Сильный телепат входит с Хоши в контакт и предлагает "Энтерпрайзу" помочь найти зинди... но за определенную цену.

    "Энтерпрайз" натыкается на планету, где производитсся Гемасит - вещество, которое было обнаружено среди обломков зонда Зинди, атаковавшего Землю... Арчер, Рид и майор Хейс тайно проникают внутрь промышленной колонии зинди, чтобы раздобыть информацию об оружии массового уничтожение, которым зинди планируют разрушить Землю.

    Действие серии происходит в альтернативной временной линии, где "Энтерпрайз" не уберёг Землю от гибели, и люди теперь превратились в расу, повсеместно гонимую и уничтожаемую Зинди. Арчер попадает в очередную пространственную аномалию, и в результате его мозг теряет способность к формированию новых долговременных воспоминаний. Спустя двенадцать лет он просыпается утром, не помня и не зная, что случилось после этого инцидента - и поражён, узнав о произошедшем с людьми и зинди...

    Кто бы мог подумать что на просторах Дельфийского пространства существует планета, населённая землянами, покинувшими родной мир свыше 3 веков назад... "Энтерпрайз" обнаруживает планету, населенную потомками землян, которые живут в мире, крайне напоминающем Американский Запад 19-го века. Стараясь разрешить загадку, как же эти люди попали в Дельфийскую Зону, энтерпрайзовцы узнают любопытные вещи. К примеру, как земляне обошлись с расой, которая когда-то доставила их сюда...

    Трип при попытке предотвратить аварию Варп-двигателя получил ранения, вогнвшие его в коматозное состояние. Жизнь Трипа висит на волоске, а Энтерпрайзу как никогда нужны его умелые руки. Джонатан Арчер и Флокс поставленны перед сложной дилемой... Эксперимент с двигателем окончился катастрофой - во время взрыва смертельно ранен Трип. Единственная возможность спасти ему жизнь - пересадить ткани мозга от клона, выращенного из одного представителя Флоксова зверинца. Продолжительность жизни такого "симбионт-подобия" - всего 15 дней, буквально на глазах из ребенка он превращается во взрослого, с памятью, способностями и умениями оригинального Трипа. Ситуация осложняется ещё и тем, что "Энтерпрайз" застрял в облаке частиц, быстро поглощающих энергию корабля и разрушающих корпус.

    В критический момент зиндийской миссии, Такер получил фатальную травму. Единственным способом спасения его жизни было создание клона для того, чтобы пересадить необходимые мозговые клетки. Клон, названный Симом, вырос всего за несколько дней и многие из команды полюбили его, в частности Т'Пол, которая подарила ему поцелуй, когда Сим признался в своей симпатии к Т'Пол - но, он добавил, что не был уверен в том, чьи именно эти чувства - его собственные или Трипа? Против воли Сима, Арчер приказал ему подвергнуться медицинской процедуре для извлечения необходимых клеток, чтобы спасти жизнь Трипа, даже если это будет стоить жизни Сима.

    Зинди каким-то образом проникли в 2004 год с целью уничтожить человечество сильнейшим вирусом - об этом Джонатану Арчеру сообщил вновь объявившийся Дэниэльс... На корабле вновь возникает агент темпоральных сил Дэниелс - и отправляет Т'Пол и Арчера в прошлое, в Детройт 2004 года, дабы те разузнали, что в этом городе и времени делают три зинди-рептилоида и как они вообще там оказались. Поскольку по всем данным их там быть попросту не должно.

    В среде Трианонцев давно бушует религиозная война. Группа религиозных фанатиков хитростью захватывает "Энтерпрайз" с целью использовать его в войне... Команда продолжает исследовать таинственные сферы Дельфийской зоны, и неожиданно принимает сигнал бедствия с инопланетного корабля. Потерпевшие называют себя трианнонцами. Чуть позже выясняется, что на самом деле это группа религиозных фанатиков, которые намерены захватить "Энтерпрайз" и использовать его в войне против "еретиков" и противников своей веры. Трианнонцы почитают сферы как святыни, сотворенные божествами, и верят, что Дельфийской зоне предначертано быть "Царством избранных".

    Зинди решили провести тестовые испытания своего оружия в системе Калиндра, но как назло рядом оказались Арчер с испытанным в многочисленных боях "Энтерпрайзом", и его почти уже закадычный андорианский друг Шран с крейсером "Кумари". Коммандер Шран во главе экипажа андорианского звездолета прилетает в Дельфийскую зону и отыскивает там "Энтерпрайз" - корабли андорианцев намного быстрее земных. Дабы показать моральное превосходство над вулканцами, и доказать, что андорианцы союзников в беде не бросают, Шран предлагает Арчеру свою помощь. Вместе командам кораблей удаётся обнаружить звёздную систему, где зинди тестируют свое новое оружие - разрушитель планет.

    Арчер хитростью вызнаёт у Дегры, создателя оружия, его местоположение. Арчеру удается захватить в плен Дегру, главного конструктора супер-оружия зинди. Хитростью капитан "Энтерпрайза" пытается выведать у Дегры местонахождение планетарного разрушителя.

    Разногласия между Ридом и майором Хейсом достигают апогея. Новые вехи в отношениях между Т'Пол и Трипом и ещё кое-что. В колоссальной пространственной аномалии "Энтерпрайз" спасает умирающего инопланетянина, и тот по каким-то одному ему ведомым причинам отказывается сообщить, как он туда попал. А тем временем напряженные отношения между Ридом и командиром десантников Хэйсом перерастают в открытый конфликт и дело доходит до драки.

    Для прохождения области пространства, которое способно очень негативно сказаться на здоровье, весь экипаж кроме Флокса погружается в специальный сон на несколько дней. Теперь успех миссии зависит от Флокса. Основываясь на полученной ранее информации, NX-01 идет курсом к красному гиганту, и попадает в область серьезных транс-пространственных возмущений - более опасную, чем все предыдущие аномалии Дельфийской зоны, так как эти возмущения смертельны для нервной системы землян. Флокс может защитить земной экипаж, но только погрузив всех в коматозное состояние. Время дорого, и чтобы избежать долгого пути в облёт этого феномена, Арчер разрешает врачу усыпить землян на четыре дня. Доктор остается один рулить всеми службами корабля, компанию ему составляют только Т'Пол и Портос. К сожалению, вулканка не особо большое подспорье в данном случае - её сопротивляемость вредоносному воздействию очень под вопросом...

    Энтерпрайз обнаруживает на поверхности планеты потерпевший крушение крейсер зинди-инсектоидов. На одной из бесплодных планет "Энтерпрайз" обнаруживает потерпевший крушение корабль зинди-инсектоидов. Весь экипаж мёртв. По мере дальнейшего расследования выясняется, что погибли они до падения звездолёта. Задохнулись, намеренно переключив ещё работающие генераторы на поддержку инкубатора с несколькими десятками инсектоидских яиц. Срок вылупляться юным зинди уже подошёл, но система жизнеобеспечения инкубатора начинает давать сбои... Арчер твёрдо намерен не дать погибнуть потомству инсектоидов.

    Азати Прайм - нынешняя родина Зинди. Джонатан Арчер решил пожертвовать своей жизнью ради того, чтобы уничтожить оружие Зинди, Т'Пол в крайнем растройстве, а Зинди уже обнаружили "Энтерпрайз" и послали группу перехвата. "Энтерпрайз" наконец-то добирается до красного гиганта Азати Прайм, в районе которого, по полученным сведениям, проходит окончательную доводку планетарный разрушитель. Под поверхностью океана одной из водных планет экипажу удаётся засечь массивный объект. Чтобы его уничтожить, кого-то придется отправить на верную смерть. Арчер решает сделать это сам. Однако тут вновь объявляется темпоральный агент Дэниелс, и кое-что слегка меняется...

    "Энтерпрайз" оправляется от повреждений, полученных при битве. Но есть и обнадёживающие вести: Арчер жив и вернулся. В битве при Азати Прайм "Энтерпрайз" получил крайне тяжёлые повреждения, чудом избежав последнего, фатального удара атакующих судов зинди. Несколько членов экипажа погибли, корабль стал полностью беспомощен и беззащитен. Неподалеку обнаружился звездолет иллирианцев, также поврежденный аномалиями зоны, и две команды пытаются решить свои проблемы сообща. Т'Пол приходится открыть некую личную тайну. А в Совете зинди бушуют страсти, нарастают разногласия касательно планов атаки на человечество.

    Корабль всё ещё оправляется от повреждений и людских потерь, команда ведёт переговоры с двумя разновидностями Зинди, чтобы спасли корабль от полного уничтожения. Два высокопоставленных зинди предлагают остановить запуск планетарного разрушителя - если Арчер сумеет доказать, что ими манипулируют. А команда "Энтерпрайза" скорбит по погибшим товарищам...

    Направляясь на встречу с дружественными Зинди, команда сталкиваетсся с ещё одним "Энтерпрайзом", и ещё одной командой... Команда "Энтерпрайза" заполучила координаты подпространственной воронки-червоточины, сквозь которую можно быстро пролететь сквозь всю Дельфийскую Зону, дабы добраться то Совета зинди. Но расположена червоточина в туманности, а туманность оккупировала некая враждебно настроенная раса. Несмотря на это, "Энтерпрайз" бесстрашно направляется к воронке, и неожиданно встречает... ещё один "Энтерпрайз"!

    Одна из разновидностей Зинди всё же вопреки решению совета запускает Оружие в сторону Земли. Арчер начинает переговоры с Советом зинди на их территории и старается убедить их, что две расы могут решить дело миром и планетарный разрушитель пускать в ход совершенно не нужно. Тем временем Т'Пол, Рид, Мейвизер и спецназовец проникают в одну из сфер с целью раздобыть информацию о мистических "сферостроителях". Задание это оказывается гораздо более опасным, чем предполагалось.

    Джонатан Арчер добиваетсся у Зинди-Аквоидов поддержки в перехвате Оружия в обмен на обещание уничтожить "Сферы", что является основной причиной пространственных аномалий в регионе. Страсти всё больше накаляются. Зинди готовы начать процедуру приведения супероружия в боевой режим, несмотря на противодействие со стороны некоторых высших чинов. Фракции несогласных готовы помочь команде Арчера не допустить начала "обратного отсчета"... но на определенных условиях.

    Зинди-рептилоиды и Инсектоиды всё-таки вырвались при операции перехвата и ныне направляются в направлении Земли со вполне предсказуемыми намерениями.
    На борту корабля Дегры Арчер, Рид и Хоши вместе с древесными зинди и зинди-гуманоидами преследуют рептилоидов, дабы остановить планетарный разрушитель и предотвратить уничтожение Земли. Арчер предлагает десантироваться на борт зонда-разрушителя и вызвать перегрузку энергосистем, но чтобы разобраться в схемах ему требуется помощь Хоши, которая после пленения рептилоидами находится отнюдь не в самом добром здравии.
    А в Дельфийской зоне "Энтерпрайз" под командованием Т'Пол пытается уничтожить сферу №41 в надежде что уничтожение данной ключевой сферы выведет из строя всю их сеть. Время на исходе, аномалии в этой области быстро подрывают здоровье экипажа, а взбешенные сферостроители пытаются разнести корабль на клочки.