Окончание первой части сериала. Демонический сулибанец твердо намерен остановить Арчера и "Энтерпрайз". Он узнаёт, что капитан таинственным образом исчез с борта корабля, захватывает команду в заложники и пытается выбить из экипажа информацию о местонахождении Арчера. Тем временем застрявшие в руинах цивилизации 31-го века Арчер и Дэниелс стараются отыскать способ вернуть капитана обратно на корабль. Дэниелс всерьёз взволнован - возможно, ход истории был необратимо изменён, и всё будущее Федерации под угрозой из-за его импульсивного решения спасти Арчера с "Энтерпрайза".

    Т'Пол повествует за ужином о своей прабабушке Т'Мир, в 1950-ых годах посетившей Землю при аварии вулканского научно-исследовательского корабля. Т'Пол рассказывает Арчеру и Трипу историю о своей прабабушке Т'Мир и трёх других вулканцах, вошедших в первый контакт с человечеством после аварийной посадки их корабля в районе маленького городка Карбон Крик, Пенсильвания, в конце 50-х годов 20-го века. Рассказ вулканки ошарашил капитана и главного инженера - её версия первого контакта совершенно отличается от изложенного в официальных источниках!

    Энтерпрайз, попав в минное поле около одной из планет Ромуланской Империи, вынужден немедленно уходить. Случайно попав в минное поле на ромуланской территории, "Энтерпрайз" оказывается в ловушке: одна из мин крепко прицепилась к корпусу. Рид выходит в открытый космос и старается обезвредить мину. Одним из металлических якорей мины его намертво пришпиливает к кораблю, и Арчеру приходится выбирать: спасать Рида или выполнить приказания ромуланцев и незамедлительно покинуть эту зону пространства.

    Получив серьёзные повреждения, Энтерпрайз ремонтируется на автоматической ремонтной станции. Всё бы было хорошо, если бы не "смерть" Тревиса Мейвизера... "Энтерпрайз" отчаянно нуждается в ремонте. По счастью, на пути у него внезапно возникает загадочная, сверхтехнологичная беспилотная космическая станция с необъяснимыми, но поразительными возможностями - исправить она может практически всё. Дожидаясь окончания ремонта корабля, команда "Энтерпрайза" изучает и исследует станцию и в итоге обнаруживает уникальный и ужасающий источник её технической мощи.

    Портос, собака Джонатана Арчера, подхватила некий инопланетный вирус... Арчер проводит весьма беспокойную ночь в медотсеке, вместе с доктором Флоксом и Портосом, который подхватил на чужой планете смертоносный для собак вирус. Вся остальная команда убеждена, что сильный стресс капитана объясняется болезнью Портоса - но Флокс подозревает, что это вызвано подавленным сексуальным влечением и активно побуждает Арчера обсудить это с Т'Пол.

    Джонатан Арчер и его экипаж ломают все планы клингонским мародёрам, решившим потревожить беззащитных жителей одной из планет. "Энтерпрайзу" требуется топливо, и в процессе поисков Арчер открывает заброшенную шахтерскую колонию. Колонией заправляют клингонские мародеры, они запугивают колонистов и забирают у них добытое топливо. Узнав о такой проблеме, Арчер с командой обучают колонистов самозащите и готовятся к финально-показательной стычке с клингонскими поработителями.

    Шестнадцать лет назад Т'Пол служила в вулканской разведке, и теперь ей нужно завершить одно задание. Вулканское Верховное командование посылает Т'Пол на сверхсекретное задание по поимке беглеца, уже более двух десятилетий скрывающегося от властей. Она берёт с собой Арчера, и во время выполнения задания открывает ему тёмную и мучительную тайну, память о которой она пыталась в себе подавить. Трип, оставшийся за главного, пока Арчер в отлучке, обнаруживает, что быть капитаном - вовсе не так уж и легко.

    При посещении одной из планет, населённой пред-индустриальной цивилизацией, Малкольм Рид потерял коммуникатор, а попытка вернуть его обернулась большими неприятностями. Рид случайно теряет свой коммуникатор во время визита на планету, не имеющую сверхсветовых космических технологий. Когда он и Арчер вновь возвращаются на неё, чтобы забрать этот образчик превосходящей технологии, их захватывают в плен и объявляют вражескими шпионами местные военные. Трип и Мейвизер, воспользовавшись системой невидимости с захваченного ранее поврежденного сулибанского "сотового" корабля, пытаются спасти Арчера и Рида прежде чем тех казнят.

    Экипаж Энтерпрайза, исследуя систему с чёрной дырой, начинает чувствовать воздействие неизвестного излучения на психику. "Типичный" день на "Энтерпрайзе" - однако внезапно рутинные обязанности экипажа превратились из обычных повседневных дел в неестественно странную одержимость. Сумасбродное и зачастую комическое поведение экипажа всё усиливается... Арчер полностью поглощён написанием биографии своего отца и больше знать ничего не хочет; Трип зациклился на подгонке капитанского кресла к идеалу; Хоши одержима приготовлением еды, а Рид озабочен только тактической тревогой.

    После первого практического знакомства с транспортером целая серия жутковатых событий заставляет Хоши задуматься, осталась ли она после перемещения тем же самым человеком - или уже нет. Напуганная и чувствующая себя беспомощной, Хоши теряет веру в себя и понять не может - сходит ли она с ума, изменил ли её каким-то образом транспортёр, или за всеми этими странными событиями стоит инопланетное вторжение на корабль.

    Трип Такер попал в очередную невероятную историю... Трип спасает от похитителей экзотичную инопланетянку, они бегут от её захватчиков, и в процессе побег становится неожиданным романтическим приключением. Между тем Арчер задержал на "Энтерпрайзе" одного из похитителей, и с помощью Т'Пол разработал план, как заставить сопротивляющегося пленника помочь им отыскать Трипа.

    Экипаж Энтерпрайза вынужден укрытся от ионного шторма в инженерном тоннеле, хорошо защищённом от воздействий этого шторма. Когда "Энтерпрайзу" угрожает смертоносный радиоактивный шторм, весь экипаж должен на восемь дней укрыться в маленькой ремонтной шахте. Пережидая шторм, команда обнаруживает, что на "Энтерпрайз" проникли чужаки и пытаются его угнать - при этом спасительное убежище экипажа может превратиться в смертельную ловушку. Чтобы остановить чужаков и спасти корабль Арчеру и его офицерам приходится сражаться против самого времени... и смертельного шторма.

    Шаттл Трипа Такера был сбит арконианским патрульным, но и сам патрульный, заодно с шаттлом, спикировал на поверхность безжизненного спутника. Чтобы выжить, они должны прийти к консенссусу. Трип Такер находился в одиночестве на борту "Шаттла-1" во время испытательного полета, когда по нему открыл огонь местный инопланетянин и заставил совершить посадку на ночной стороне луны. Трип безуспешно пытается наладить связь с "Энтерпрайзом", и попутно узнаёт, что его инопланетному недругу также пришлось сделать вынужденную посадку поблизости. Оба противника продолжают выяснять друг с другом отношения, но когда наступит рассвет, невероятно горячее восходящее солнце убьёт обоих...

    Т'Пол обнаруживает, что больна Синдромом Па'Нар. Во время посещения "Энтерпрайзом" планеты, где проходит конференция по межвидовому медицинскому обмену, доктор Флокс пытается заполучить данные последних исследований о неизлечимой смертельной болезни у находящихся там представителей Вулкана. Однако он не может признаться, что этой болезнью заразилась Т'Пол - если об этом узнают, среди своих на нее навсегда ляжет клеймо отверженной обществом.

    Джонатан Арчер приглашён для урегулирования территориального спора между андорианцами и вулканцами. Между вулканцами и андорианцами вспыхнул военный конфликт из-за небольшой планеты, подвергшейся искусственной переделке климата, на которую обе стороны заявляют свои права. В разгар схватки вулканцы объявляют, что желают обсудить условия перемирия. Однако офицер Имперской Гвардии андорианец Шран уверен, что один-единственный, кому можно доверить труд посредника в таких переговорах - это Джонатан Арчер. Посему капитана и его корабль отправляют поучаствовать в данном столкновении интересов.

    Энтерпрайз, подобрав странный шаттл с технологиями явно не из этого времени, атакован сулибанами, а затем и толианцами. Далеко за пределами территорий, где бывали земные корабли, экипаж "Энтерпрайза" с потрясением обнаруживает маленькое судно, дрейфующее в космосе, внутри которого находится, по-видимому, труп землянина. Трип Такер и Малколм Рид выясняют, что суденышко хранит и другие странные секреты. Все становится ещё таинственнее, когда объявляются сулибанцы и заявляют свои права на спасённый кораблик. А в завершение всего капитану Арчеру приходится противостоять толианцам, которые тоже весьма агрессивно пытаются завладеть загадочным судном.

    Трип Такер и Джонатан Арчер, обвиняемые в контробанде, попадают на борт тюремного транспорта... Арчер и Трип мирно отбывали на шаттле с планеты Энолия обратно на "Энтерпрайз" - но тут их ошибочно арестовали и посадили на тюремный корабль, отправляющийся к тюремной колонии Канамар. Прежде чем ошибка была обнаружена, один из местных инопланетян совершил захват транспорта, что заставило Арчера поневоле ввязаться в опасную игру.

    Экипаж Энтерпрайза сталкиваетсся со странной энергетической формой жизни... "Энтерпрайз" затянут в огромное инопланетное судно, населённое существами, похожими всего лишь на струйки пара. Эти бестелесные создания захватывают "Энтерпрайз" и принимают человеческую форму, вселяясь в разных членов экипажа - чтобы побольше узнать о людях. Во всяком случае, так они говорят. Арчер пытается вернуть управление "Энтерпрайзом" и вернуть заблудившиеся души своей команды в надлежащие тела. Он заручается поддержкой Т'Пол, её способностью мысленного контроля, чтобы определить, чего же на самом деле хотят чужаки.

    Джонатану Арчеру, обвиняемому в кознях против Клингонской Империи, грозит смерть. Капитан Арчер обвинен клингонским трибуналом в заговоре против Империи, и единственная его надежда избежать смертного приговора или пожизненного заключения в дилитиумных шахтах на Рура Пенте - стареющий и разочаровавшийся в жизни клингонский адвокат, не проявляющий особого энтузиазма по делу Арчера.

    Тревис Мейвизер, узнав о смерти своего отца, намеревается навестить торговый корабль, капитаном которого являлся его отец, благо "Горизонт" как раз по курсу Энтерпрайза... Когда "Энтерпрайз" изменил курс, чтобы исследовать некий планетарный феномен, энсин Мейвизер решил воспользоваться этой возможностью и посетить грузовоз на котором родился, E.C.S. "Горизонт". Его отец, капитан "Горизонта", недавно скончался - и Тревис обнаружил, что с некоторых пор дела у него дома идут совсем не так как раньше. Примечание: E.C.S. - Earth Cargo Ship, буквально "Земной транспортный корабль"

    Энтерпрайзу поручено забрать с планеты, на которой вот-вот разразится гражданская война, денобуланских геологов. "Энтерпрайз" просят эвакуировать группу денобуланских геологов с планеты, захваченной военной группировкой. Поскольку геологи залезли глубоко под землю, спасательной экспедиции приходится заняться спелеологией в ненадежных подземных недрах. А Флокс в это время столкнулся с новой дилеммой. Один из эвакуированных с планеты, представитель расы антаран, облученный смертельной дозой радиации, отказывается лечиться у врача-денобуланина - из-за очень давних жестоких конфликтов между их расами.

    Исследуя одну из звёздных систем, Энтерпрайз устанавливает контакт с виссианцами... Во время исследований звезды на ранних стадии суперновой, "Энтерпрайз" встречает расу виззианцев. Две команды замечательно поладили друг с другом, и всё шло гладко до тех пор, Трип Такер не начал любопытствовать о представителе третьего рода этой расы - безымянном создании, называемом "донор".

    Группа боргов, выживших после событий фильма: "Звёздный путь: Первый контакт", обнаружена в Антарктиде. На Земле, в Арктике, исследовательская экспедиция находит обломки инопланетного корабля, которым уже почти сотня лет. Они застыли во льдах, вместе с телами двух кибернетически усовершенствованных гуманоидов. Полярники разморозили их из научного любопытства, те ожили и захватили ученых вместе с их транспортным судном. "Энтерпрайз" отправлен на перехват. Вскоре Арчеру и его экипажу предстоит узнать, что данные киборги - враги весьма коварные и не идущие ни на какие компромиссы.

    Узнав о смерти близкого друга, Арчер вместе Т'Пол отправляются исследовать туманность из антиматерии, по пути Арчер рассказывает Т'Пол об обстоятельствах, сделавших его и погибшего друга друзьями. Во время исследования туманности темной материи Арчер получает сообщение, что погиб А. Г. Робинсон, его старый соперник по начальному периоду программы тестовых полётов NX. Во время полёта на шаттле вглубь этого феномена, Арчер вспоминает и рассказывает Т'Пол о временах, когда они с Робинсоном соревновались за честь стать первым пилотом, преодолевшим барьер скорости варп 2.

    Клингоны недовольны тем, что Арчер выскользнул из смертельной ловушки и назначают за его поимку немалую сумму... Телларит, охотник за вознаграждением, пленяет Арчера, намереваясь обменять его у клингонов на соответствующие премиальные. А между тем Т'Пол подхватила инопланетный патоген, который растормозил и высвободил её первобытные вулканские желания...

    Таинственная раса зинди атаковала Землю - семь милионов погибших. "Энтерпрайз", будучи уже сильно модернизированным, отправляетсся в область предположительного местонахождения зинди, преследуемые назойливыми клингонами, по прежнему желающими заключить Арчера под стражу.
    Инопланетный зонд неизвестного происхождения атаковал Землю. Последствия нападения просто ужасающи, погибли миллионы людей. "Энтерпрайз" отозван обратно к Земле. По пути домой капитан Арчер получает информацию, что нападавшие явились из области, известной как "Дельфийское Пространство" - места с крайне дурной репутацией, этакого "Бермудского треугольника" космических масштабов, где творятся странные дела и откуда смогли вернуться очень немногие. Руководству Звёздного Флота предстоит решить, нужно ли ради предотвращения возможной повторной атаки отправить "Энтерпрайз" в Дельфийскую область, рискуя при этом навсегда потерять и корабль, и экипаж.