Прошло три месяца после того как Гул Дукат убил Джадзию Дакс. Ромуляне пытаются основать на Дип Спейс свою военную базу, а Сиско тем временем отдыхает на Земле.

    Сиско встречается с Эзри Дакс, новым носителем трилла Дакс, которые не погиб при смерти Джадзии. Ворф с группой единомышленников разрушают космическую верфь Доминиона.

    Эзри Дакс вживается в коллектив станции. Постепенно все принимают ее как вернувшуюся Джадзию, только Ворф, видя рядом новый вариант своей возлюбленной, страдает еще больше.

    Команда станции "Дип Спейс 9" играет в бейсбол с экипажем вулканского корабля. Дело осложняется тем, что ни одни из них толком играть не умеют.

    Доктор Башир начинает испытать определенные симпатии к своей пациентки, немой от рождения Сирине, которою он пытается вылечить.

    Лидер вортов встречается с Одо и предлагает тому имеющеюся у него ценную информацию, способную помочь Федерации выиграть войну в обмен на предоставление ему убежища на "Дип Спейс 9".

    Кор, стареющий клингонский боевой герой, прилетает на станцию "Дип Спейс 9", для того чтобы продолжать воевать во славу и честь, но генерал Марток так не считает.

    Война идет не только в космосе. На планете AR-558 уже несколько месяцев десант Звёздного Флота и войска джем'хадар сражаются друг с другом.

    Кира попадает на станцию Эмпок Нор, где её старый "приятель" Гул Дукат теперь лидер религиозного культа, набирающего силу среди баджорцев. Гул Дукат предлагает Кире забыть прошлое и присоединиться к его движению.

    Ног, потерявший ногу, возвращается на станцию. Утешения в своих страданиях о неполноценности он ищет на голопалубе.

    В поисках пропавшего О'Браена Эзри Дакс встречается со своей властной матерью, владелицей крупной промышленной компанией и своими братьями, также с головой ушедшими в бизнес.

    Большой Нагус похищается злобным Альянсом из альтернативной вселенной. Они хотят использовать его как заложника для добычи секрета клингонского устройства невидимости. Кварк и Ром, вместе с двойником Эзри Дакс летят выручать своего предводителя.

    Эзри Дакс с помощью генетической памяти пытается найти убийцу который орудует на станции.

    Одо встречает Основательницу, которую как и его в младенчестве оставили один на один с галактикой.

    Сверкающая звезда эстрады - Вик, певец из Лас-Вегаса середины 20 века, нуждается в помощи. И не важно, что Вик это голограмма. На станции "Дип Спейс 9" его уже давно воспринимают, как живого и обязательно придут на помощь Вику в его борьбе против посягательств гангстера Франки.

    Накануне поездки доктора Башира на медицинскую конференцию в Ромулянской Империи Отдел-31, секретная разведка, вербует его, пытаясь через него узнавать информацию о ромулянском лидере.

    Пока Сиско планирует свою будущею тихую семейную жизнь исчезает коммандер Ворф. На его поиски отправляется Эзри Дакс. Память и чувства Джадзии не дают ей спокойно сидеть на месте.

    Сиско игнорирует предупреждения Пророков и собирается вступить в брак со своей давней любовью - Кэсседи Уайтс.

    Доминион готовится подписать новый военный союз с Бринн, расой элитных воинов. Этот союз разрушит Федерацию и позволит Доминиону наконец выиграть войну. Кардассианцы не довольны этим союзом, так как в этом случае Кардассия многое теряет и нечего не приобретает.

    Бринн атакуют Землю. Внезапная стремительная атака застает Звёздный Флот врасплох и кораблям Доминиона удается прорваться к планете.

    Кира вступает в контакт с лидерами кардассианского сопротивления. А у клингонов происходит серьёзный разлад в эшелонах власти.

    Доктор Башир пытается найти лекарство против странной болезни, которую он обнаружил у Одо. Кара, тем временем, проводит партизанский налет на Доминион.

    Поиски лекарства выводят Башира на Отдел-31. Одо при смерти, и только Слоан, глава Отдела-31 может дать ему противоядие от вируса, который и был изготовлен в лабораториях Отдела-31.

    Кардассия на грани гражданской войны. Гражданское население поднимается против Доминиона. Тем временем, на станцию прибывает Великий Нагус, который собирается назвать своего приемника.

    Сиско на "Дефайенте" присоединяется к решающей битве с Доминионом. На Кардассии Кира и Гул Дамар поднимают востание против власти Доминиона. На Баджоре Кай Вин тем временем разбирается с Гул Дукатом, но в этом деле слегка переусердствовала...