Кира и О'Брайн летят на планету-тюрьму Кардассианской Империи, чтобы вызволить из заключения легендарного баджорского лидера сопротивления Ли Налиса.

    Экстремистские элементы противостоят новому правительству Баджора. Кварк узнаёт, что за террористами, представляющими "Союз Глобального Объединения" (Круг) стоят кардассианцы. Мятежники пытаются захватить "Дип Спейс 9". Со станции эвакуируется всё гражданское население.

    Пока Сиско и другие офицеры отражают нападения мятежников, Кира и Дакс собирают и передают временному правительству Баджора доказательства участия в заговоре кардассианцев.

    Варад, неудавшийся трилл-носитель, захватывает почти пустую станцию с целью забрать у Дакс её симбионта и имплантировать его в своё тело.

    Пролётом на станции оказывается баджорская супружеская пара и их приёмный сын - кардассианец.

    Башир влюбляется в доктора Мелору Павлар, ученую с планеты с низкой силой тяжести, вынужденную, передвигаться в инвалидном кресле.

    Великий Нагус поручает Кварку проведение деловых переговоров с одной упорной расой из квадранта Гамма. Помощник Кварка, оказывается ференгом-женщиной...

    Всплывает на поверхность прошлое майора Киры - её подозревают в так и не раскрытом убийстве кардассианского чиновника.

    Сиско влюбляется в интересную и загадочную женщину, но оказывается, что место уже занято и у неё есть муж.

    Беженцы из квадранта Гамма, которые уже давно ищут себе новую родину, прилетают на "Дип Спейс 9" и просят пристанища на Баджоре.

    Новоявленный конкурент Кварка завозит на "Дип Спейс 9" новую игру. Вскоре выясняется, что игра влияет на законы вероятности в пределах станции.

    Наставник и учитель Одо, доктор Мора Пол, предлагает Одо составить ему компанию в путешествии в квадрант Гамма, где исследовательская партия Федерации обнаружила похожую на Одо форму жизни.

    Доктор Башир и шеф О'Брайн пытаются уничтожить очень опасное бактериологическое оружие. В результате инцидента О'Брайн оказывается заражён этой напастью.

    Возвратившись на "Дип Спейс 9", О'Брайн крайне озадачен некой скованностью и таинственностью, которые он испытывает по отношению к себе от практически всех обитателей станции.

    При осмотре планет, пригодных для колонизации, Сиско и О'Брайн оказываются в плену у группы поселенцев, отрезанных от цивилизации 10 лет назад.

    При исследовании планет в квадранте Гамма, Дакс и Одо обнаруживают изолированную деревню, чьи жители загадочно исчезают, и узнают, что аборигены - живые голограммы.

    Молодой трилл-носитель прибывает на станцию, чтобы посоветоваться с Дакс по поводу будущей имплантации трилла в своё тело.

    Кварк встречает свою старую любовь, Натиму Ланг, которая находится в бегах от кардассианской службы безопасности.

    Три старых клингона появляются на станции, чтобы встретиться с Дакс и вместе исполнить старую клятву.

    Сиско озабочен количеством растущих конфликтов Федерации с Кардассианской Империей. Кто-то уничтожает кардассианское грузовое судно прямо на подступах к станции "Дип Спейс 9".

    Старый друг Сиско, коммандер Хадсон, оказывается лидером террористов Макки, и именно его должен остановить Сиско, не допустив повторной войны Федерации и Кардассианской Империи.

    Доктор Башир обнаруживает, что в голове его знакомого кардассианца Гарака, находится мозговой имплантант, который может угрожать его жизни.

    Майор Кира и доктор Башир попадают в альтернативную (зеркальную) вселенную.

    Накануне выборов нового кая Бэйджора всплывают факты, из которых следует, что один из основных кандидатов ранее работал на Кардассию.

    О'Брайн арестован кардассианской службой безопасности по обвинению в преступной связи с Макки.

    Залетевшие в Гамма-квадрант Сиско, Кварк, Джейк и Ног попадают в плен к солдатам Доминиона.