Сиско возвращается на станцию после брифинга в штабе Звёздного Флота, привезя с собой новый крутой кораблик - "Дефайент", оборудованный по последнему слову техники и оснащенный ромуляйским устройством невидимости. С помощью этого корабля Сиско и команда отправляется в квадрант Гамма, найти загадочных Основателей, хозяев Доминиона.

    Одо узнаёт интересную историю своего прошлого и знакомиться со своим родным миром. Тем временем представители Федерации уже готовы подписать мирный договор с Доминионом с предоставлением ему Баджоры и станции "Дип Спейс 9". Сиско успевает вмешаться.

    После того как Кварк случайно убивает пьяного клингона, его вдова требует чтобы Кварк заменил собой её умершего мужа и женился на ней, для того, чтобы защитить землю её и её бывшего мужа от посягательств его брата-узурпатора.

    Дакс начинает страдать из серьёзных галлюцинаций. Обеспокоенное Сиско и Башир отвозят её на её родную планету, где узнают, что жизнь Дакс в опасности.

    Киру похищают кардассианцы, сообщившие ей, что она была шпионом кардассиан на Баджоре. В неё имплантирована вторая личность, полностью подчиняющаяся кардассианцам.

    Кварк находит младенца джем'хадар в старом, купленном им сухогрузе. Ребенок быстро растет и Одо пытается воспитывать дитя, стараясь внушить ему отвращение к убийствам и насилию.

    О'Брайн умудряется активизировать скрытую кардассианскую систему самоуничтожения станции. Часики начинают тикать, все в восторге.

    При изучении квадранта Гамма, обнаруживается планета, которая перемещается между измерениями каждые шестьдесят лет.

    Том Райкер (генетический дубликат Вильяма Райкера) крадет "Дефайент" и с его помошью осуществляет несколько стремительных атак на кардассианские форпосты. Сиско вынужден остановить этого наглеца, во избежании федерато-кардассианской войны.

    Эпидемия всеобщего любовного флирта охватывает станцию. Все внезапно стали такими романтиками... ;)

    Посещая Землю, для участвовать в симпозиуме Звёздного Флота Сиско, Дакс и доктор Башир попадают в год 2024 из-за сбоя транспортера. Там они неумышленно изменяют временную линию, из-за чего Федерация перестаёт существовать.

    Сиско пытается восстановить временную линию для этого он подменяет убитого человека, лидера бунтовщиков Габриэля Белла. Осложнение в том, что согласно сценарию (истории) Белла должны будут скоро убить.

    Доктор Башир должен использовать сомнительные методы для того, чтобы поддержать жизнь баджорского лидера Ведика Барела во время мирных переговоров с Кардассианской Империей.

    Кира и Одо ищут пропавшего пилота-макки. Поиск заводит их на отдаленную планету. Случается опасная ситуация, которая могла бы стоить Кире жизни, если бы не решительность Одо.

    Трое кардассианских ученых прибывают на борт станции, в рамках нового договора с Баджором, чтобы установить оборудование, которое допустило бы связь через гиперпереход; но коммандер Сиско должен справиться с древним баждорскими пророчествами, которое предсказывает, что проект вызовет уничтожение пространственного прохода.

    Великий Нагус прибывает на "Дип Спейс 9" выступая за преимущества благотворительности и убеждая всех ференгов заняться ею. Кварк начинает узнавать истинные причины такого странного предложения Нагуса.

    Авария перебрасывает О'Брайна на несколько часов в будущее. Там он видит противостояние клингонских и ромулянских флотов, разрушение "Дип Спейс 9" и свою собственную смерть.

    Обиженный телепат, которому доктор Башир отказал в получении запрещенного лекарства, решил Баширу отомстить.

    Сиско похищают мятежники из альтернативной вселенной, для того что бы он заменил там своего мертвого аналога.

    Расследование взрыва в магазине Гарака выводит Одо на организацию ромуло-кардассианского заговора направленного против Доминиона.

    Ромуло-кардассианский флот выходит в квадрант Гамма и Сиско следует за ними на своем Дефаенте, чтобы найти Одо.

    Сиско и его сын Джек восстанавливают древнюю баждорскую космическую яхту, которая работает на солнечном ветре. Во время первого полета начинают возникать трудности.

    Кварк вынужден явиться на свою родную планету, чтобы помочь своей матери, на которую обрушились обвинения в нарушении основных законов ференги.

    Когда Кай Винн получает управление Временным Правительством Баждоры и начинает выдвигать нелепые обвинения против прежних участниках сопротивления, Кира и Шакара, ее прежний лидер ячейки сопротивления, становятся беглецами.

    После торжественного ритуала на планете Дакс, где она встречает предыдущего носителя трилла Дакс, Джадзию начинают угнетать собственная неполноценность. Тем временем Ног (племянник Кварка) проходит предварительные тесты в Звёздную Академию.

    Интрига Доминиона, рассчитанная на создание конфликта Федерации с одной из своих цивилизаций-членов, увенчалась успехом. Корабль Сиско, "Дефайент", захвачен основателями и используется для чёрного дела.